จากคำบอกเล่าที่สืบทอดกันมาว่า ในอดีตประมาณ  500  กว่าปี  คลองหอยโข่งเป็นหมู่บ้านเล็กๆ แห่งหนึ่งที่ห้อมล้อมไปด้วยป่าดงดิบ ชาวบ้านดำรงชีพอยู่ด้วยความยากลำบาก  ต่อมาคลองหอยโข่งเป็นตำบลหนึ่งของอำเภอหาดใหญ่   ประชากรดั้งเดิมที่อาศัยสืบทอดกันมาแต่สมัยโบราณ   ซึ่งสันนิษฐานได้จากสถานที่สำคัญหลายแห่ง  โดยเฉพาะศาสนาสถานบ่งบอกถึงประวัติศาสตร์อันยาวนานตั้งแต่ก่อนสมัยกรุงรัตนโกสินทร์  หรืออาจมีการตั้งถิ่นฐานก่อนหน้านี้  สังเกตได้จากสภาพสังคม  ประเพณี   วัฒนธรรม  ที่บ่มเพาะให้ชาวคลองหอยโข่งเป็นคนที่มีอุดมการณ์ทางความคิดพัฒนาตลอดมา  ดังนั้น ด้วยความทุรกันดารห่างไกลชุมชมเมือง ประกอบกับประชาชนมีความแตกแยกทางความคิดในการเมืองการปกครอง  และด้วยเหตุผลความมั่นคงของสถาบันชาติ  ศาสนา  พระมหากษัตริย์   กระทรวงมหาดไทย  จึงได้ประกาศเรื่องแบ่งเขตท้องที่อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา  ตั้งเป็นกิ่งอำเภอคลองหอยโข่ง  ตั้งแต่วันที่  1  เมษายน   2535  และได้ยกฐานะเป็นอำเภอ  เมื่อวันที่  11  ตุลาคม  2540  ตามประกาศราชกิจจานุเบกษา  เล่มที่  114  ตอนที่ 50 ก ลงวันที่  26  กันยายน  2540